不能及时的定期清掏
玻璃钢化粪池沉积到一定时间后要清渣，以保证下一阶段的正常运行，长期未清掏，池内污泥积满，污泥固结在池底使玻璃钢化粪池的有效容积日趋减少，不能发挥截留作用而变为只过流，玻璃钢化粪池不沉淀固体杂质和BOD5的去除，形同虚设起不到减少环境污染的作用。因此，国家规定化粪池3至12个月为一个清掏周期。  

玻璃钢化粪池的溢流造成污染
由于不能及时清掏,在雨季时由于容积的减少，玻璃钢化粪池常常发生溢流，大量池内污染物随雨水进入自然水体。因此不能及时清掏的化粪池不仅未起到应有的作用，相反成为污染环境的一个污染源。

玻璃钢化粪池的沼气累积
化粪池长期无人管理，有的在化粪池上面建操场、建花坛，在较高密封程度下，沼气满溢，易发生爆炸事故，危害人民生命财产安全，同时也会严重污染环境。